سید محمد علی حسینی تضاد سنی و شیعه ساختۀ گروهی است که خواهان شکاف در داخل خانوادۀ واحد اسلامی است
دکتر سید محمد علی حسینی تأکید کرد که نمی توان از دین برای اهدافی سیاسی جز با تحریف و تخریب آن استفاده کرد و هدف از این اقدام این است که اسلام یک دین دیگر و غریب و ناشناخته ای بشود که ربطی به اسلام واقعی ندارد. وی در این راستا به فرمودۀ پیامبر محمد (ص) استناد کرد که: «اسلام با غربت آغاز شد و طولی نخواهد کشید که همانند ایام آغازینش دوباره غریب خواهد گشت اما خوشا به سعادت غریبان».
آقای الحسینی در سخنانش در مورد تضاد سنی و شیعه افزود: «بعضی ها خوششان می آید که صحبت از اسلام سنی و اسلام شیعی بکنند. این یک سخن باطلی است و ما آن را رد می کنیم. ما می گوییم که اسلام واقعی و واحد گرفتار گروهی شده که خواستار شکاف در داخل اهل سنت است و نیز گرفتار گروهی دیگر شده که می خواهد مذهب شیعه را دچار از هم گسستگی کند و آن را وارد ضدیت و تناقض با اصل اسلامی خود نماید گویی که به اصطلاح تضاد و اختلاف سنی و شیعه کافی نیست».
دکتر محمد علی حسینی واقعیت این تضاد را زیر سؤال برد و گفت که در اسلام تنوع اجتهاد وجود دارد که نباید آن را انکار و نفی کرد و آن بی نیاز ساختن امت اسلام و غنی تر ساختن سرمایۀ فکری و فرهنگی آن می باشد. ایشان تأکید کردند که اختلافی بر سر اهمیت و ضرورت وحدت بین مسلمانان با گرایشهای مختلف مذهبی و فکری و سیاسی نباید وجود داشته باشد.
حسینی خاطر نشان ساخت که اختلاف در عقیده یک رسم و سنت بشری است که همیشه با جامعۀ بشری از آغاز پیدایش آن ارتباط داشته است و آنها در برابر اجتهاد نیستند که امامان و پیشوایان بر سر آن اختلاف دارند بلکه آنها در برابر یک فریضۀ قرآنی و نبوی هستند که وحدت را واجب کرده و از تفرقه و پراکندگی و اختلاف و گسستگی نهی کرده است، چنانکه خداوند متعال می گوید: «همگی به ریسمان خدا چنگ بزنید و پراکنده نشوید»، و نیز می فرماید: «این امت شما امت واحدی است و من پروردگار شما هستم پس مرا عبادت کنید».
آقای محمد علی حسینی توجه همگان را به این آیات و سایر آیات قرآنی و احادیث پیامبر جلب نمود که روی اتحاد مسلمانان تأکید دارند اتحادی که قدرت و سرافرازی و عزت آنان را دربردارد بویژه که آنان دارای مسائل و دردهای مشترک و سرنوشت واحدی هستند در حالیکه از هم گسستگی و پراکندگی، مسلمانان را در وضعیت ضعف و ناتوانی و سستی قرار می دهد.